Ý tưởng thành lập giải đấu này của 3 người gồm Sir Stanlay Rous (người Anh), Ernst Thornmen (người Thụy Sĩ) và Ottorino Barrasi (người Ý). Ngày 18 tháng 4 năm 1955, Cúp các hội chợ liên thành phố (Inter-Cities Fairs Cup) chính thức được tổ chức với 10 đội bóng của 10 thành phố: Barcelona (Tây Ban Nha), Basel và Lausanne (Thụy Sĩ), London và Birmingham (Anh), Copenhagen (Đan Mạch), Frankfurt (Tây Đức), Leipzig (Đông Đức), Milan (Ý) và Zagreb (Croatia). Giải đầu tiên kéo dài trong 3 năm (1955 - 1958) và đội đoạt cúp là câu lạc bộ FC Barcelona. Giải lần thứ 2 kéo dài trong 2 năm (1958–1960) với 16 câu lạc bộ chứ không phải là đội tuyển các thành phố. Các giải sau được tổ chức đều đặn hàng năm. Đến mùa bóng 1971–72, giải đổi tên thành Cúp UEFA.

Từ mùa bóng 1999–2000, cúp C2 (Tên gọi tắt của UEFA Cup Winners' Cup) bị khai tử và sáp nhập vào cúp C3 làm một và vẫn giữ tên là Cúp UEFA, khi đó, đội đoạt các cúp trong nước sẽ giành quyền tham dự giải đấu này. Thể thức của giải cũng được thay đổi như áp dụng thể thức đấu bảng (từ năm 2004); các đội bị loại ở vòng loại thứ ba và 8 đội xếp thứ 3 ở vòng đấu bảng UEFA Champions League được chuyển sang thi đấu; các đội bóng giành cúp Liên đoàn cũng giành quyền tham dự.

Từ năm 1958 đến 1997, các trận chung kết được tổ chức 2 lượt đi và về (trừ các năm 1964 và 1965). Từ mùa giải 1997-98, trận tranh cúp vô địch chỉ diễn ra 1 lượt trên sân vận động đã chọn trước.

Mùa bóng 2009–2010, UEFA tăng số lượng câu lạc bộ tham dự vòng bảng lên 48 đội và đổi tên giải đấu thành UEFA Europa League.[3]

Huy hiệu đặc biệt

Các CLB giành 3 chức vô địch UEFA Europa League liên tiếp hoặc có ít nhất 5 lần lên ngôi sẽ vinh dự được UEFA gắn một biểu tượng chiến thắng đặc biệt lên tay áo. Mùa giải 2018-2019 chỉ có 1 CLB đạt được điều kiện này là Sevilla

Bắt đầu với giải 2018–19, tất cả các nhà vô địch trong nước bị loại ở vòng loại UEFA Champions League sẽ chuyển tới UEFA Europa League chứ không chỉ là các đội được loại trong vòng loại thứ ba và vòng play-off. UEFA Champions League vòng loại cũng sẽ cung cấp một tuyến đường vô địch riêng cho các đội này, cho phép nhiều cơ hội hơn cho nhà vô địch giải vô địch trong nước để cạnh tranh với nhau.

Kể từ mùa giải 2021-22, với sự ra đời của giải đấu thấp hơn UEFA Europa League 2, vòng bảng của giải đấu sẽ giảm xuống còn 32 đội, đồng thời số đội thi đấu vòng loại sẽ giảm đi đáng kể.